اكتسب قصر الزعفران أهميته التاريخية من عدة جوانب، وفي البداية، كان القصر مقر إقامة للخديوي إسماعيل، الذي كان له دور كبير في تطوير القاهرة وتحويلها إلى مدينة حديثة على غرار المدن الأوروبية، حيث تميزت هذه الفترة ببناء العديد من القصور والمباني الفخمة، وكان قصر الزعفران واحدًا من أرقى هذه المباني.
بعد انتهاء عهد الخديوي إسماعيل، شهد القصر استخدامات متعددة، حيث أصبح مقرًا للسفارة الأمريكية لفترة من الزمن. هذا الاستخدام عكس أهمية القصر ومكانته لدى الدول الأجنبية.
في فترة لاحقة، تحول القصر إلى مقر لمجلس الوزراء المصري، مما زاد من أهميته السياسية والإدارية.
استضاف القصر العديد من الاجتماعات الحكومية الهامة واتخذت فيه قرارات مؤثرة في تاريخ مصر الحديث.
اليوم، يعد قصر الزعفران جزءًا من جامعة عين شمس ويستخدم كمبنى إداري. ورغم التحولات التي شهدها، لا يزال القصر يحتفظ بجماله المعماري ويعكس روح الفترة التي بُني فيها. يعتبر القصر نقطة جذب للزوار والباحثين في التاريخ، ويُعد رمزًا للفخامة والرقي الذي ميز حقبة الخديوي إسماعيل.
بهذا، يجسد قصر الزعفران تاريخ مصر من خلال المراحل المختلفة التي مر بها، بدءًا من كونه مقر إقامة للخديوي، مرورًا بفترة استخدامه كسفارة، وحتى دوره كمقر حكومي وجامعي. يمثل القصر مزيجًا من التاريخ والثقافة والمعمار، ويظل شاهدًا حيًا على فترات هامة من تاريخ مصر الحديث.